In den letzten Tagen des 2. Weltkriegs war der Bahnhof Seeshaupt Schauplatz der Befreiung eines Zwangsarbeiter-Zuges durch US-Truppen. Es handelte sich dabei um Transporte unter unmenschlichen Umständen von Häftlingen des KZ-Aussenlagers Mühldorf-Mettenheim von Mühldorf über München Süd nach Bichl und von dort nach Tutzing. Ab München Süd fuhren insgesamt drei Zugpaare über die Isartalbahn nach Bichl. Das erste Zugpaar erreichte Tutzing (darin befand sich der Holocaust-Überlebende und Zeitzeuge Max Mannheimer), das zweite Zugpaar wurde in Seeshaupt gestoppt (der Dokumentarfilm Endstation Seeshaupt handelt davon), das dritte Zugpaar kam über den Bahnhof Bichl nicht hinaus.

Am Bahnhofsgebäude von Seeshaupt erinnert heute eine Gedenktafel an die schrecklichen Ereignisse.

Gleis 2 ist das durchgehende Streckengleis. Verlängert man aber Gleis 1 in Richtung Streckengleis, ergibt sich hier eine durchgängige Gerade. Ursprünglich war es auch so, dass Gleis 1 das Hauptgleis war und Gleis 2 das abzweigende Nebengleis.